E3系 新幹線 車両には1997年に開業した秋田新幹線用の基本番台(0番台)と、1999年に山形新幹線が新庄駅まで延伸開業した際に増備された1000番台、2008年12月以降に400系の置き換え目的で製造された2000番台の3種類が存在します。
0番台は秋田新幹線「こまち」用として当初は5両編成で落成しましたが、1998年にE328形付随車が登場し、現行の6両編成になりました。
E3系の最高速度は在来線区間が130km/h、新幹線区間が275km/hになっています。
E3系1000番台は 山形新幹線「つばさ」用です。最高速度は在来線区間では130km/hですが、新幹線区間では400系と同じ240km/hになります。

E3系 1000番台 の引張力・加減速特性は0番台とは異なりE3系単独走行時は400系と同等として、200系およびE4系との併結運転時は併結相手と同じ性能になるように調整されています。
ロゴには当初から「TSUBASA」の文字が表記されています。
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